Câu chuyện diễn ra trong thời điểm mà thế giới đang ở trong hố của sự tuyệt vọng sau khi bị tàn phá bởi một chất độc có tên là "shinobi" đến trái đất thông qua một tiểu hành tinh. Mọi người bỏ chạy đến nơi gọi là "Kairiku", một nơi từng là đáy đại dương.
