Sau thất bại của Myouri Unzen dưới tay của Kurokami Medaka và Hội học sinh của cô ấy, hòa bình đã trở lại với Học viện Hakoniwa — ít nhất là trong một thời gian ngắn. Chẳng bao lâu sau, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune và Mogana Kikaijima bị cuốn vào một âm mưu thâm độc khác, được gọi là "Kế hoạch Flask", do chính hiệu trưởng của trường đứng đầu.