Câu chuyện bắt đầu khi Nhật Bản và Mỹ bí mật hợp tác phát triển một tàu ngầm hạt nhân hiện đại mang tên Seabat. Con tàu được xem là biểu tượng sức mạnh quân sự mới và thuộc quyền kiểm soát chung giữa hai nước. Tuy nhiên, trong chuyến hải trình đầu tiên, chỉ huy Shirō Kaieda bất ngờ làm phản, chiếm quyền kiểm soát tàu, đổi tên nó thành Yamato, và tuyên bố con tàu là “quốc gia độc lập trên biển”. Từ đây, Yamato bị Mỹ xem là mối đe dọa khủng bố hạt nhân và lập tức triển khai toàn bộ lực lượng hải quân để truy đuổi và tiêu diệt.