Bộ phim lấy bối cảnh tại Nhật Bản vào năm 2029. Phim theo chân Motoko Kusanagi, một cyborg (nửa người nửa máy) đang nỗ lực thành lập Đội An ninh Công cộng số 9 để chống lại các mối đe dọa an ninh công nghệ cao. Đội của cô phải đối đầu với Puppet Master (Kẻ điều khiển rối) – một hacker bí ẩn có khả năng xâm nhập và thao túng trí tuệ nhân tạo cùng tâm trí con người.