Trong khi các trường khác ở Nhật cạnh tranh danh hiệu đội bóng đá hay nhất nước, câu lạc bộ bóng đá của trường trung học Raimon, Inazuma Eleven, phải vật lộn để vươn lên từ bờ vực bị giải tán. Cháu trai của thủ môn thế hệ đầu tiên của Inazuma Eleven và là đội trưởng của đội, Mamoru Endou, nhận thử thách đưa câu lạc bộ bị lãng quên từ lâu trở lại hình dạng.
